首先官方文档是这么写的。参考MySQL5.6 Ref manual。
每个InnoDB表都有一个特殊的索引，称为聚簇索引clustered index，行的数据就存储在这里。通常情况下，聚簇索引是主键的同义词。为了从查询、插入和其他数据库操作中获得最佳性能，你必须理解InnoDB是如何使用聚簇索引来优化每个表的最常见的查找和DML操作的。
- 当你在表上定义一个primary key时，InnoDB就会把它作为聚簇索引。为你创建的每一个表定义一个主键。如果没有逻辑上唯一且非空的列或列集合，则添加一个新的自动增加列，其值会自动填入。
- 如果你没有为你的表定义primary key，MySQL会定位第一个Unique索引，其中所有的关键列都是Not Null。InnoDB使用它作为聚簇索引。
- 如果表没有primary key或合适的unique索引，InnoDB内部会在包含row id值的合成列上生成一个名为GEN_CLUST_INDEX的隐藏聚簇索引。行是由InnoDB分配给这种表中的行的ID来排序的。row id是一个6字节的字段，随着新行的插入而单调增加。因此，按row id排序的行在物理上是按插入顺序排列的。
聚簇索引是如何加快查询速度的？
通过聚簇索引访问行的速度很快，因为索引搜索会直接引导到包含所有行数据的页面。如果一张表很大，与使用与索引记录不同的页面存储行数据的存储组织相比，聚簇索引架构往往可以节省一次磁盘I/O操作。
二级索引与聚簇索引的关系
除了聚簇索引以外的所有索引都称为二级索引。在InnoDB中，二级索引中的每条记录都包含改行的主键列，以及二级索引指定的列。InnoDB使用这个主键值来搜索聚簇索引中的行。
如果主键长，二级索引就会使用更多的空间，所以主键短是有利的。
回答标题的问题
这里我没有找到mysql的rowid为什么是6个字节的答案，找到是关于oracle rowid的解释，猜测是互通的。
rowid是伪列。不会真正存在表的data block中，但是它会存在于index中。
扩展的rowid在磁盘上需要10个字节的存储空间，并使用18个字符来显示。
解释如下：
在oracle 8以前，一个rowid占用6个字节大小的存储空间（10 bit file# + 22bit block # + 16 bit row #)，rowid格式为：BBBBBBBB.RRRR.FFFF。
在oracle 8以后，rowid的存储空间扩大到了10个字节（32 bit object# + 10bit rfile# + 22 bit block# + 16 bit row#)，文件号仍然用10位表示，只是不再需要置换，为了向后兼容，同时引入了相对文件号（rfile#)，所以从Oracle7到Oracle8，rowid仍然无需发生变化。
这里我猜测，mysql rowid也是存储了 10位的文件号，22位的块号，16位的行号。
更新：已经得到答案。
详见文章